W ramach operacji powstały trzy SS-Sonderkommandos Einsatz Reinhardt, SS wykorzystywało cudzoziemskich najemników, rekrutowanych przeważnie spośród jeńców sowieckich w niewoli niemieckiej. Komanda SS kierowały akcją zagłady w trzech ośrodkach: w Bełżcu, w Sobiborze i w Treblince. Na lokalizację obozów wybrano tereny leśne, leżące we wschodniej części Generalnego Gubernatorstwa, w pobliżu linii kolejowych. Ważnym czynnikiem lokalizacji obozów był fakt, że w ich pobliżu znajdowały się duże skupiska ludności żydowskiej.
Wykorzystywano również obozy powstałe w zamierzeniu jako koncentracyjne: Majdanek (KL Lublin) oraz Auschwitz-Birkenau (w prowincji Górny Śląsk).
Żydzi ginęli także w towarzyszących deportacjom do obozów pacyfikacjach gett. Przywożono do nich także Żydów z innych krajów europejskich, m.in. z Holandii, Austrii, Słowacji, Niemiec i Grecji. W trzech głównych obozach akcji „Reinhardt” zamordowano ok. 135 tys. osób z zagranicy.
W skład zespołu zajmującego się eksterminacją Żydów na terenie Generalnego Gubernatorstwa wchodziło ok. 450 Niemców i Austriaków.