W sumie rozegrał tam 120 ligowych spotkań i zdobył 30 bramek.
Latem 1982 roku przeszedł do innego pierwszoligowca - Bayernu Monachium. Zadebiutował tam 21 sierpnia 1982 w przegranym 0:1 spotkaniu z Werderem Brema. W sezonie 1983/1984 zdobył z klubem Puchar Niemiec. W 1985 roku ponownie zagrał z Bayernem w finale Pucharu Niemiec, jednak tym razem Bayern przegrał tam 1:2 z Bayerem Uerdingen. W 1986 roku wygrał z zespołem mistrzostwo Niemiec i Puchar Niemiec. Rok później ponownie zdobył z nim mistrzostwo Niemiec. Wystąpił także w finale Pucharu Mistrzów, ale Bayern uległ tam 1:2 FC Porto. W 1988 roku wywalczył wicemistrzostwo Niemiec, a w 1989 po raz kolejny mistrzostwo Niemiec. W Bayernie Nachtweih grał łącznie przez siedem lat. W sumie zagrał tam w 220 ligowych meczach i strzelił 20 goli.
W 1989 roku wyjechał do Francji, gdzie został zawodnikiem AS Cannes. W tym klubie spędził dwa sezony, a potem powrócił do Niemiec. Podpisał kontrakt z Eintrachtem Frankfurt. W trakcie pół roku gry dla tego klubu, zagrał tam w 3 spotkaniach. W grudniu 1991 odszedł do drugoligowego Waldhof Mannheim. Barwy tego klubu reprezentował do listopada 1995, kiedy to zakończył karierę.