starostowie bydgoscy ograniczyli proboszczom prawo rybołówstwa i całkowicie zaprzestali świadczenia daniny mącznej. Mimo dość znacznych dochodów pieniężnych (370 zł w 1745 r.), w XVIII wieku parafia bydgoska postrzegana była jako jedna z gorzej uposażonych parafii miejskich diecezji włocławskiej, przede wszystkim z powodu niewielkiego uposażenia gruntowego.
Rozgraniczenia młodszej parafii farnej od starszej parafii wyszogrodzkiej dokonano w oparciu o utrwalone w XIII wieku granice miejscowych kasztelanii. Stąd granica wschodnia bydgoskiej parafii przebiegała na wschód od Bartodziei, mimo że już w połowie XIV w. kasztelania wyszogrodzka nie istniała, wchłonięta przez bydgoską i tworząca razem z nią powiat bydgoski ze starostą grodowym na czele.
Prawo patronatu nad kościołem farnym, dające prawo do obsady plebana bydgoskiego (zatwierdzanego przez biskupa włocławskiego), należało w XIV wieku do wójtów bydgoskich, a od początku XV wieku, po wykupie wójtostwa – do królów polskich, których miejscowymi przedstawicielami byli starostowie bydgoscy.