Terytorium parafii w okresie staropolskim Parafia farna, aż do 1920 r. obejmowała miasto Bydgoszcz oraz okoliczne wsie, przyłączane do miejskiej wspólnoty parafialnej w miarę ich stopniowego zakładania. Najpierw były to powstałe przed rokiem 1346: Bartodzieje, Bielice i Jachcice, a później trzy kolejne osady: Czyżkówko, Łochowo i Brzoza, wzmiankowane po raz pierwszy w 1489 roku. Wszystkie te wsie, podobnie jak Bydgoszcz stanowiły własność królewską. W latach 1489–1512 do parafii bydgoskiej przyłączono rycerską wieś Kruszyn Krajeński, do tej pory pozostającą pod jurysdykcją parafii ślesińskiej w sąsiedniej archidiecezji gnieźnieńskiej, a w latach 1597–1661 Czersko Polskie z parafii fordońskiej. Odległości od granic parafii do świątyni farnej przekraczały z reguły 10 kilometrów.
Tuż przed I rozbiorem Polski parafia bydgoska obejmowała swymi granicami 47 osad i folwarków wiejskich. W 1763 r.