Tak więc zasadniczym zadaniem optymalizacji procesu fotoasocjacji jest ograniczenie wzbudzeń atomowych, przy jednoczesnym utrzymaniu prawdopodobieństwa wzbudzeń cząsteczkowych na poziomie pozwalającym zastosować metodę do efektywnej produkcji zimnych cząsteczek.
Ze względu na postać funkcji falowej startowego stanu niezwiązanych zimnych atomów, współczynniki Franca-Condona w procesie fotoasocjacji są największe dla wzbudzeń do najsłabiej związanych stanów (czyli cząsteczek o największej średniej odległości międzyjądrowej, mogącej dochodzić nawet do kilkuset bohrów), które jednak są o kilka rzędów wielkości mniejsze niż dla wzbudzeń atomowych. Jednocześnie stany słabo związane są energetycznie bardzo podobne do wzbudzonych stanów atomowych, co oznacza, że wzbudzając do słabo związanych stanów cząsteczkowych bardzo trudno uniknąć wzbudzeń atomowych.