Gdyby jednak udało się odwrócić stosunek prawdopodobieństwa wzbudzeń cząsteczkowych do atomowych na korzyść tych pierwszych, wtedy nawet gdyby bezwzględne prawdopodobieństwo fotoasocjacji dla pojedynczego impulsu nie byłoby duże, można by zastosować szereg impulsów akumulujących zimne cząsteczki w pułapce. W celu ograniczenia wzbudzeń atomowych zastąpiono lasery pracy ciągłej przez coraz krótsze impulsy laserowe, modyfikując częstotliwość lasera w trakcie trwania impulsu (ang. chirping), czy kontrolując w bardziej zaawansowany sposób kształt i fazę impulsów. Jednak ze względu na nieskomplikowaną fizykę jednofotonowej fotoasocjacji, spektrum możliwości nie jest zbyt szerokie, dlatego z jednej strony można zwrócić się w stronę procesów wielofotonowych lub z drugiej strony umieścić gaz zimnych atomów w sieci optycznej lokalizującej atomy w przestrzeni, co zwiększa współczynniki Franca-Condona przejść do stanów cząsteczkowych i znacząco zwiększa efektywność procesu otrzymywania ultrazimnych cząsteczek.
Analizując proces fotoasocjacji należy mieć na uwadze, że otrzymuje się w nim cząsteczki we wzbudzonym stanie elektronowym, czyli mającym skończony czas życia. Oznacza to, że pozostawiona cząsteczka po jakimś czasie wyemituje foton i przejdzie do podstawowego stanu elektronowego.