W czasie okupacji niemieckiej ratował zabytki Warszawy, a w szczególności dzieła z Zamku Królewskiego, przewożąc je do Muzeum Narodowego. Prowadził tajne nauczanie i brał udział w konspiracji jako żołnierz Związku Walki Zbrojnej pod pseudonimami „Łubin”, „Puławski” i „Hubert”. Pracował w Departamencie Likwidacji Skutków Wojny Delegatury Rządu RP na Kraj, gdzie rejestrował straty wojenne w polskich muzeach. Po wyzwoleniu kierował zespołem ratującym i zabezpieczającym zabytki Gdańska i Pomorza. 30 kwietnia 1947 został mianowany profesorem nadzwyczajnym historii sztuki średniowiecznej, w 1958 został profesorem zwyczajnym. 30 stycznia 1949 został aresztowany na podstawie fałszywych oskarżeń i po sfingowanym procesie więziony przez cztery lata. Wyszedł na wolność 11 września 1953, Rada Państwa wydała akt łaski i skasowała wyrok Michał Walicki (1904–1966), Rocznik Historii Sztuki 36/2011 s. 127–136.