Janusz Kowalski przez cztery miesiące przebywał w szpitalach w Otwocku i Lublinie. Awansowany do stopnia chorążego objął w końcu stycznia dowództwo nowego, złożonego głównie z partyzantów, trzeciego plutonu pieszego w swojej kompanii. Brał udział w walkach o Wał Pomorski (lekko ranny pod Mirosławcem 25 lutego), nad Dziwną, w forsowaniu Odry oraz w szturmie centrum Berlina, aż po Bramę Brandenburską. Jesienią 1945 został urlopowany na studia. Nie wrócił jednak na Politechnikę, wstąpił na medycynę, studiował w latach 1945–1951 w Lublinie i Szczecinie (gdzie otworzył listę studentów indeksem nr 1). Uzyskał stopień lekarza i specjalizację II stopnia w położnictwie i ginekologii, obronił pracę doktorską. Pełnił szereg funkcji: przez 19 lat był dyrektorem szpitali, przez 13 lat ordynatorem.
Powoływany na ćwiczenia rezerwy awansował do stopnia majora. W 2008 roku na wniosek Klubu Kawalerów Orderu Wojennego Virtuti Militari awansowany do stopnia podpułkownika.
Żona Wanda (1924–1984); dzieci: Joanna Kowalska (1950) – adwokat, Marek Kowalski (1953) – lekarz, Elżbieta Sikorska (1958) – inżynier i przedsiębiorca;