W pewnym momencie przywódca grupy opuścił kokpit, by porozmawiać z resztą porywaczy. Pilot, uświadomiwszy sobie, że porywacze nie są uzbrojeni, postanowił poinformować pasażerów o powadze sytuacji w której się znajdują i poprosić o siłowe powstrzymanie porywaczy. Ogłoszenie to zostało jednak wygłoszone tylko w języku angielskim i przerwane przez przywódcę grupy, przez co większość pasażerów nie zrozumiała intencji kapitana.
Na skutek ustania pracy przez oba silniki, samolot zaczął tracić wysokość. Widząc co się dzieje, drugi pilot poprosił porywaczy, by pozwolili mu powrócić do kabiny i pomóc kapitanowi. Gdy samolot znajdował się na wysokości 150 stóp, porywacze opuścili już kabinę samolotu. Następnie maszyna zahaczyła lewym skrzydłem o taflę wody u północnych wybrzeży wyspy Wielki KomorThe Dead Man’s Gambit: The crash of Ethiopian Airlines flight 961 , co spowodowało złamanie się kadłuba na 4 części.
Porywacze Porywacze zostali zidentyfikowani jako Alemayehu Bekeli Belayneh, Mathias Solomon Belay oraz Sultan Ali Hussein. W czasie porwania ogłosili przez interkom, że występują przeciw rządowi etiopskiemu i celem lotu ma być Australia. Poinformowali również, że jest ich na pokładzie jedenastu.