Reprezentacja Włoch W 1993 roku został selekcjonerem reprezentacji Włoch. Funkcję tę pełnił do 1997 roku. W tym czasie zdobył m.in. złoty medal Igrzysk Śródziemnomorskich (1993) i srebrny Mistrzostw Europy (1997).
Powrót do Bolonii W 1997 roku ponownie został trenerem Virtusu Bolonia. Zdobył z nim trzy mistrzostwa kraju, trzy puchary i dwukrotnie wygrał Euroligę w sezonach: 1997/98 i 2000/01. Poważne kłopoty finansowe klubu spowodowały jego degradację do drugiej ligi, co skłoniło Messinę do przyjęcia posady trenera Benettonu Treviso.
Benetton Treviso Messina trenował Benetton Treviso w latach 2002–2005. W tym czasie klub stał się jednym z najlepszych zespołów we Włoszech. Wraz z nią wygrał ligę oraz trzy puchary Włoch. W Eurolidze zaszedł do Final Four w roku 2003.
CSKA Moskwa W 2005 roku podpisał kontrakt z CSKA Moskwa. W Rosji przepracował cztery lata: czterokrotnie zdobył mistrzostwo Rosji, dwukrotnie Puchar Rosji, czterokrotnie dotarł do Final Four Euroligi, dwukrotnie je wygrywając (sezony 2005/06 i 2007/08). W tym czasie CSKA Moskwa była jedną z najlepszych drużyn w Europie.