Karlheinz Pflipsen (ur. 31 października 1970 w Mönchengladbach) – były niemiecki piłkarz występujący na pozycji pomocnika.
Kariera klubowa Pflipsen jest wychowankiem klubu SC Rheindalen. W 1983 roku przeszedł do juniorów Borussii Mönchengladbach. W sezonie 1989/1990 został włączony do jej pierwszej drużyny, grającej w Bundeslidze. W tych rozgrywkach zadebiutował 25 listopada 1989 w wygranym 3:1 meczu z 1. FC Kaiserslautern. Było to jednak jedyne ligowe spotkanie rozegrane przez niego w tamtym sezonie. W następnym był już podstawowym graczem Borussii. 1 września 1990 w zremisowanym 2:2 pojedynku z 1. FC Köln Pflipsen strzelił pierwszego gola w trakcie gry w Bundeslidze. W 1992 roku zagrał z Borussią w finale Puchar Niemiec, jednak jego klub został tam pokonany po rzutach karnych przez Hannover 96. W 1995 roku Borussia ponownie wystąpiła w finale Pucharu Niemiec, ale tym razem została jego zwycięzcą po wygraniu 3:0 meczu z VfL Wolfsburg. W 1999 roku Pflipsen zajął z klubem 18. miejsce w lidze i spadł z nią do 2. Bundesligi. Wówczas odszedł z Borussii.