Objęcie rządów w Nawarrze Mimo to w 1328 Joanna została królową Nawarry po zawarciu ugody z nowym władcą Francji – Filipem VI, który nie był potomkiem królów Nawarry – w zamian za zrzeczenie się praw do tronu francuskiego. Rządziła jako królowa w latach 1328–1349, do 1343 wraz ze swoim mężem – Filipem III, hrabią d'Évreux. Na mocy traktatu zrzekła się swoich praw do korony Francji oraz posiadłości jej prababki w Brie i Szampanii, które stały się królewską domeną. W ramach rekompensaty, otrzymała hrabstwa Angoulême, Mortain oraz kawałek Cotentin. Później, zamieniła Angoulême na trzy posiadłości w Vexin: Pontoise, Beaumont-sur-Oise i Asniere-sur-Oise.
Dzieci Joanny II i Filipa III Joanna (ok. 1325–1387), zaręczona z Piotrem IV Aragońskim; ostatecznie wstąpiła do zakonu w Longchamps, Maria (ok. 1330–1347), pierwsza żona Piotra IV Aragońskiego (1319–1387), Blanka (1331–1398), zaręczona z Ludwikiem II de Male, druga żona Filipa VI Walezjusza (1293–1350), Karol II (1332–1387), król Nawarry, mąż Joanny Walezjuszki Agnieszka (1335 (?)https://brill.com/display/book/edcoll/9789004399679/BP000021.xml–1397), żona Gastona III,