Na wschód od tego obniżenia leżące na wschodzie Karpaty dzielą się na Białe Karpaty, Jaworniki i Beskidy Morawskie, gdzie najwyższym szczytem tej części jest Łysa Góra o wysokości 1324 m n.p.m.
Budowa geologiczna Masyw Czeski zbudowany jest głównie z proteozoicznych skał krystalicznych, w skład których wchodzą gnejsy i granity, oraz z paleozoicznych skał osadowych, które zalegają w centralnej części masywu. W północnej części masywu występują osady pochodzące z kredy, a także neogeńskie wylewy wulkaniczne. Masyw Czeski ukształtowany został w orogenezie hercyńskiej, a następnie uległ procesowi erozji i denudacji. W trzeciorzędzie nastąpiły w masywie ruchy górotwórcze i obszar ten uległ spękaniu i wydźwignięciu.
Południowo-wschodnią część Masywu Czeskiego zajmuje Wyżyna Czesko-Morawska, która jest najstarszym geologicznie obszarem w Europie Środkowej. Środkową część masywu wypełnia Kotlina Czeska (Płyta Czeska). Na południu masywu obszar jest pagórkowaty, gdzie występują głębokie doliny rzek, oraz kotliny takie jak Kotlina Budziejowicka czy też Kotlina Trzebońska. Kotlina Czeska będąca centralną częścią masywu, otoczona jest zrębowymi obszarami górskimi.