Czacki opracował także historyczny opis zbiorów, ukazując losy Polski poprzez zgromadzone artefaktyPaulina Chełmecka, Muzeum Czartoryskich: historia, ludzie, zbiory, [w:] Muzeum Narodowe w Krakowie. Muzeum Książąt Czartoryskich, red. K. Płonka-Bałus, N. Koziara, Kraków 2019, s. 20.
Z czasem muzeum zostało rozszerzone o Dom Gotycki, otwarty w 1809 roku. Romantyczna budowla, początkowo przeznaczona na mieszkanie dozorcy, została przekształcona w neogotycki pawilon wystawowy. Umieszczono tam pamiątki, które nie zmieściły się w Świątyni Sybilli, w tym również obiekty pochodzące z zagranicy. Budynek symbolizował utraconą ojczyznę – w jego ścianach wmurowano fragmenty architektoniczne z polskich i europejskich zabytków. Klucz do Domu Gotyckiego opatrzono łacińskim mottem: Dux femina facti („Kobieta wodzem chwalebnego czynu”), podkreślającym rolę Izabeli jako inicjatorki całego przedsięwzięciaPaulina Chełmecka, Muzeum Czartoryskich: historia, ludzie, zbiory, [w:] Muzeum Narodowe w Krakowie. Muzeum Książąt Czartoryskich, red. K. Płonka-Bałus, N. Koziara, Kraków 2019, s. 26-27..