Główna część muzeum, mieszcząca się w utworzonym z trzech kamienic pałacu, została udostępniona zwiedzającym dopiero w 1896 roku, dwa lata po śmierci Władysława CzartoryskiegoPaulina Chełmecka, Muzeum Czartoryskich: historia, ludzie, zbiory, [w:] Muzeum Narodowe w Krakowie. Muzeum Książąt Czartoryskich, red. K. Płonka-Bałus, N. Koziara, Kraków 2019, s. 28-29..
Muzealne zbiory Czartoryskich początkowo zostały umieszczone w Arsenale Miejskim. Następnie ks. Władysław Czartoryski zakupił wschodnią część klasztoru Pijarów (tzw. klasztorek pijarski) i trzy kamienice na rogu ulic Pijarskiej i św. Jana, które zostały scalone i przekształcone w jednolitą budowlę pałacową przez architektów: Alberta Bitnera, Wandalina Beringera i Zygmunta Hendla. Przebudowa miała miejsce w l. 1879–1901. W jej wyniku powstała rezydencja z attyką i renesansowym dziedzińcem ozdobionym kolumnadą. Przebudowy pałacu na muzeum dokonał Maurycy Ouradou, uczeń Viollet le Duca. Architekt ten zaprojektował fasady od strony ul. Pijarskiej i od strony baszty Pasamoników oraz ozdobiony herbami kryty ganek przerzucony nad ul. Pijarską, łączący budynek główny pałacu z „klasztorkiem” i dalej z Arsenałem oraz z częścią murów miejskich z basztami Stolarską i Ciesielską.