Kolejny okres rozwoju zgromadzenia to lata 90. XX w. Otwarto wówczas dwa nowe domy zakonne na terenie kraju, wznowiono wydawanie dwumiesiecznika „Posłańca Ducha Świętego”w 1994 r., który zawiera stałą katechezę o Duchu Świętym, reportaże, felietony oraz listy misjonarzy. Duchacze zaznaczyli również swój wkład w życie społeczne i duchowe miasta poprzez zainicjowanie pielgrzymek do Częstochowy, współpracę z francuską fundacją OAA (Stowarzyszenie na Rzecz Sierot) dzięki której absolwenci bydgoskich szkół podstawowych podjęli naukę w ośrodku fundacji we Francji, założenie katolickiego radia „Vox” (później Radio „Plus”), organizację corocznych festynów dla mieszkańców w dniu Zesłania Ducha Świętego wraz z loterią fantową, założenie muzeum misyjnego itd.
Od 1989 r. dotychczasowy kościół Ducha Świętego w kompleksie zabudowań duchaczy w Bydgoszczy przestał pełnić funkcje parafialne, pozostał natomiast kościołem rektorskim. Odbyło się to w kontekście powołania nowej parafii pw. Ducha Świętego na Glinkach, wraz z budową kaplicy (1989 r.) i kościoła (od 1992 r.) W 1998 r. zgodnie z decyzją ks. abpa Henryka Muszyńskiego oficjalnie przeniesiono siedzibę parafii na ul. Glinki i zmieniono jej granice. Jednocześnie przy parafii powstał nowy dom zakonny duchaczy przy ul.