Większą część roku 1598 chorował, a w 1599 zamknięto gimnazjum z powodu zarazy. Wtedy ojciec polecił Mikołajowi udanie się na studia. Zapisał się na Uniwersytet w Lipsku w zimowym semestrze 1599 roku.
W Wielkanoc 1600 roku Henel spotkał kupca Heinricha Holzgrafa, który był w drodze na targi do Lipska. Podczas rozmowy z nim dowiedział się, że Holzgraf ma zapewniony nocleg i wyżywienie w Lipsku, a także zna kilku studentów tamtejszej uczelni. Poznani przez Holzgrafa studenci, między innymi Siegmund Niebelschütz, doradzili Henelowi podjęcie w Jenie studiów medycznych. Po przyjeździe do Jeny, Henel spotkał Macieja Bilicera pochodzącego z Prudnika. Za jego namową zrezygnował z medycyny i podjął studia prawnicze. Wykłady z prawa były wówczas prowadzone przez Nicolausa von Reussnera z Lwówka Śląskiego.
Henel przerwał studia i wrócił do Prudnika w 1602 z powodu śmierci ojca. Przez sprawy rodzinne przebywał w domu przez około 9 miesięcy. Podczas pobytu w Prudniku rozmyślał nad kontynuacją nauki i w tej kwestii szukał pomocy u znajomych. Rozważał możliwość powrotu na studia już nie w Jenie, lecz we Frankfurcie nad Odrą ze względu na jego położenie bliżej Prudnika.