Ku zaskoczeniu zamachowców trucizna jedynie osłabiła Rasputina (prawdopodobnie cyjanek potasu uległ hydrolizie z powodu złego przechowywania, zatem w truciźnie nie było wystarczającej ilości jonów cyjankowych). Wówczas Jusupow zdecydował się zastrzelić rzekomego mnicha, ale pierwszy strzał jedynie ranił ofiarę. Pół wieku później książę Jusupow wspominał, jak to Rasputin – otruty i z przestrzeloną piersią – próbował go udusić. Gwałtownie odepchnięty przez księcia Rasputin wybiegł na dziedziniec i dopiero kiedy deputowany Władimir Puryszkiewicz oddał w niego kolejne strzały, ten upadł. Dla pewności książę zmiażdżył mu pałką czaszkę. Następnie spiskowcy związali Rasputina i zawieźli nad Newę, gdzie wielki książę Dymitr Pawłowicz osobiście go utopił. Przypadkowy świadek zameldował policji o wydarzeniach. Początkowo nikt nie chciał uwierzyć w zeznania, jednak wkrótce rozpoczęto śledztwo. Wyłowione z Newy zwłoki Rasputina nosiły ślady świadczące o tym, że w momencie wrzucenia do rzeki nadal żył – prawa ręka była uwolniona z więzów, a w płucach znajdowała się woda. Zniknięcie Rasputina wywołało niepokój w Carskim Siole. Szybko odnaleziono ciało i wykryto sprawców morderstwa.