W czerwcu 1945 powrócił do Warszawy, i do 1946 pracował jako kustosz Muzeum Zoologicznego. W 1945 doktoryzował się na Uniwersytecie Marii Skłodowskiej-Curie w Lublinie na podstawie rozprawy Z badań nad rodziną Hysterpoinetidae Desing (Ciliata – Holotricha). Od stycznia 1946 pracował na UMCS, początkowo jako organizator Muzeum Przyrodniczego tej uczelni, a po habilitacji w 1947 (rozprawa Drogi przystosowań morfologicznych do życia pasożytniczego wśród wymoczków) jako kierownik Katedry Zoologii i Parazytologii przy wydziale weterynarii (profesor nadzwyczajny od 1948). W tym czasie przebywał w różnych instytutach specjalistycznych w Moskwie i Leningradzie(1946), Splicie (1947) i Tihany (1949). Od 1953 sprawował funkcję dyrektora Instytutu Zoologii Uniwersytetu Warszawskiego, od 1956 jako profesor zwyczajny.

Był również członkiem Polskiej Akademii Nauk (1965 członek korespondent, 1971 członek rzeczywisty) i Towarzystwa Naukowego Warszawskiego (1951) oraz założycielem i redaktorem czasopisma międzynarodowego „Acta Protozoologica” (1963–1972). Publikował prace naukowe także w „Annales Universitatis Mariae Curie-Skłodowska” (1949–1954) oraz „Acta Parasitologica Polonica” (1953–1968).