Eskadra została podporządkowana dowódcy IV dywizjonu towarzyszącego 3 pułku lotniczego, w jej skład wchodziły dwa plutony lotnicze, a na wyposażeniu znajdowały się samoloty Lublin R-XIIIC. Okres przełomu roku wykorzystano przede wszystkim na skompletowanie załóg, wyposażenia i obsługi naziemnej, jak również na szkolenie teoretyczne przewidziane dla tego typu jednostek lotniczych. Pierwszym sprawdzianem wyszkolenia eskadry była szkoła ognia na poligonie Biedrusko. Latem 1938 eskadra uczestniczyła w dużych ćwiczeniach wojsk lądowych odbywających się na terenie Wielkopolski i Pomorza.
Działania 36 eskadry obserwacyjnej w 1939 Wzrastające zagrożenie ze strony III Rzeszy Niemieckiej spowodowało, że już w lutym 1939 eskadra odbyła pełny program szkoły ognia. W marcu mobilizowano imiennymi kartami MOB lotników-rezerwistów i wcielono ich do eskadry. Po rozwiązaniu Pułkowej Szkoły Pilotażu przydzielono eskadrze kolejnego pilota.