Mobilizacja eskadry Mobilizacja eskadry została przeprowadzona w dniach 24 i 25 sierpnia 1939 na lotnisku Ławica. Samoloty rozproszono na krańcach lotniska. Rzut kołowy pod dowództwem por. obs. Jana Czarkowskiego odjechał na lotnisko Gwiazdowo. 31 sierpnia dołączył do niego rzut powietrzny. Po zakończeniu mobilizacji, eskadra została przemianowana na 36 eskadrę obserwacyjną, a z rozwiązanej 39 eskadry towarzyszącej wcielono kolejnego pilota. I/36 pluton przydzielony został do dyspozycji dowództwa armii, a II/36 pluton przekazano dowódcy Wielkopolskiej Brygady Kawalerii. Dowódca eskadry pozostał przy I plutonie.
Działania eskadry w kampanii wrześniowej W kampanii wrześniowej eskadra walczyła w składzie lotnictwa Armii „Poznań”. Na uzbrojeniu pododdziału znajdowało się siedem samolotów obserwacyjnych Lublin R-XIIID i dwa samoloty łącznikowe RWD-8.