10 lutego 1999 roku Diakonia Kościoła uzyskała osobowość prawną. W 2000 roku Synod Kościoła wybrał ks. bp sen. Jana Szarka na pierwszego prezesa Diakonii Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego. Od 2005 roku prezesem Diakonii jest ks. bp. Ryszard Bogusz.
Święto diakonii obchodzone jest we wszystkich parafiach Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w 13. Niedzielę po Trójcy Św.
Działalność Diakonia Kościoła realizuje swój podstawowy cel przez różnego rodzaju formy aktywności: tworzenie i wspieranie instytucji oraz inicjatyw dotyczących udzielania bliźnim różnych form pomocy; rozpoznanie nowych obszarów pracy w sferze socjalnej; kształcenie i dokształcanie współpracowników i wolontariuszy (seminaria, konferencje, stypendia); udzielanie wszechstronnej pomocy rodzinom - kolonie dla dzieci, stypendia; opiekę nad ludźmi chorymi, starymi, niepełnosprawnymi - zakup leków, wypożyczanie sprzętu rehabilitacyjnego; współpracę z przedstawicielami opieki społecznej, instytucjami państwowymi, fundacjami socjalnymi; reprezentowanie diakonii wobec opinii publicznej; w razie potrzeby tworzenie i utrzymywanie instytucji do wypełniania zadań diakonijno-opiekuńczych; przeprowadzanie zbiórek na cele diakonijne;