Dalsze zmiany w wyglądzie budowli nastąpiły w XVIII w., kiedy to pojawiły się problemy ze statycznością fasady zachodniej; postanowiono w związku z tym wzmocnić fundamenty i mury kościoła. Plan przebudowy sporządził architekt Johann-Nikolaus Kuhn. thumb|left|Kościół św. Jakuba w 1830 W latach 1806–1813 kościół św. Jakuba służył jako stajnia oddziałom napoleońskim, podobnie jak wiele innych kościołów. Na przełomie lat 1826/27 dotychczasowy późnogotycki hełm, na którym z powodu postępującego niszczenia budowli pojawiły się rysy, został zastąpiony nowym, zbudowanym według planów Hermanna Fersenfelda. Dalsze zmiany nastąpiły w latach 1860-1869, kiedy to podjęto zakrojone na szeroka skale prace renowacyjne pod kierunkiem angielskiego architekta Isaiaha Wooda. Dotychczasowy dach miedziany wymieniono na poszycie łupkowe a do południowej strony kościoła dobudowano wydłużony, neogotycki portal wejściowy. Pod koniec XIX wieku odnowiono też wnętrze świątyni.
Kościół został zniszczony podczas drugiej wojny światowej;