w 1944 podczas bombardowań alianckich zapaliła się wieża, po czym runęła na dach i przebijając go, wpadła do środka świątyni niszcząc kompletnie jej wnętrze. Zdołano jednak na czas wynieść cenne wyposażenie wnętrza, ratując je przed niechybnym zniszczeniem.
Po wojnie postanowiono odbudować kościół. Odbudowę prowadzono według wzorów średniowiecznych. Zakończyła się ona w 1963; jedynie wieża otrzymała współczesny wygląd. Zrekonstruowano ją, podobnie jak i pozostałe wieże pięciu hamburskich kościołów, aby miasto na powrót odzyskało swą historyczną panoramę.
Architektura Dzisiejszy kościół św. Jakuba jest świątynią czteronawową, pięcioprzęsłową, z obszerną kruchtą i z zachodnią wieżą, zbudowaną na planie kwadratu, zwieńczoną współczesnym hełmem, wykonanym z żelbetonu, wzniesionym na podstawie ośmiokąta, przechodzącym w górnej części w ostrosłup. Wysokość wieży wynosi 125 m.
Wystrój wnętrza Po wojnie okna prezbiterium otrzymały nowe witraże autorstwa Charlesa Crodela. Powstały one w latach 1959-1960 i przedstawiają główne wydarzenia roku kościelnego. Zwiastowanie, Boże Narodzenie, Wielki Piątek i Mękę Pańską, Wielkanoc i Zesłanie Ducha Świętego a ponadto początek kościoła św. Paweł. Charles Crodel był też projektantem witraży do kościołów św. Mateusza (Matthäuskirche) w Winterhude i Mariackiego (St.