Jego zwolennicy opanowali Kraków i Wawel.
Panowanie Stefana Batorego
1 maja 1576 roku ukoronował Batorego wraz z Anną biskup kujawski Stanisław Karnkowski. 12 października 1576 roku umarł drugi elekt cesarz Maksymilian II Habsburg.
Wojna Rzeczypospolitej z Gdańskiem
Gdańszczanie, podburzeni przez cesarza, postanowili wykorzystać rozdwojoną elekcję do podważenia praw Rzeczypospolitej w mieście, jakie określały statuty Karnkowskiego. Złupili klasztory katolickie i zburzyli opactwo Cystersów w Oliwie. Rozpoczęli jednocześnie negocjacje z posłami Carstwa Rosyjskiego, które popierało separatyzm gdański. Po stronie Gdańska opowiedziała się Dania. 17 kwietnia 1577 roku hetman nadworny Jan Zborowski rozbił wojska gdańskie w bitwie pod Lubiszewem. Król Stefan Batory rozpoczął oblężenie Gdańska, kierując handel wiślany przez Elbląg. Spowodowało to atak odwetowy połączonej floty gdańsko-duńskiej na to miasto. Walki zakończyły się pojednaniem stron i zapłaceniem okupu królowi 200 000 złotych polskich.