Wraz z budową magistrali stare połączenie (otwarte w październiku 1901) do Kartuz na odcinku Kościerzyna-Gołubie zostało rozebrane (listopad 1930). Podczas wojny, już we wrześniu 1939 została odbudowana linia Bytów-Lipusz.
1945-1989 Po II wojnie światowej kolej rozwijała się, stanowiąc najszybszy i najwygodniejszy środkiem lokomocji. W latach 60. można było zaobserwować ten rozwój zwłaszcza na trasie Kościerzyna-Gdynia. Mimo wielkiej akcji elektryfikacyjnej w latach 70. powiat kościerski nie doczekał się elektryfikacji, przez co ruch towarowy Śląsk-Porty i dalekobieżny został przeniesiony na linię przez Tczew, zelektryfikowaną w 1969.
Po 1989 31 sierpnia 1990 przez stację w Kościerzynie przejechał ostatni pociąg pośpieszny. W 1991 zlikwidowano parowozownię, a w 1992 przekształcono ją w skansen. W tym samym roku w obsłudze połączeń zaczęto wykorzystywać autobusy szynowey, które jednak nie uchroniły przed zamknięciem i likwidacją w maju 1993 linii Lipusz-Bytów oraz w styczniu 1994 linii Pszczółki-Kościerzyna (mimo tego, że rozkład z 1993 przewidywał na tej trasie 4 pary pociągów). Po 1994 spadek przewozów spowodował ograniczanie i zawieszanie ruchu na trasach do Chojnic i do Czerska/Bydgoszczy.