Największe ograniczenie ruchu nastąpiło na linii do Czerska, z trzech par w rozkładzie 2003/2004, do tylko jednej pary w rozkładzie 2006/2007 (w rozkładach połączenie to było zaznaczane kursuje do odwołania). W rozkładzie z 2005/2006 pojawiła się ostatnia bezpośrednia para pociągów do Grudziądza a w rozkładzie z 2006/2007 ostatnia para pociągów relacji Bydgoszcz Główna - Kościerzyna skomunikowana w Kościerzynie z pociągiem do Gdyni. Później jedynym bezpośrednim połączeniem z powiatu kościerskiego poza województwo pomorskie było połączenie do Wierzchucina. Ograniczono również ruch na trasie Kościerzyna-Chojnice z 6 par w rozkładzie 2001/2002 do 4 par w rozkładzie 2008/2009.
Linie kolejowe Na terenie powiatu znajdują się linie kolejowe nr 201 Nowa Wieś Wielka-Gdynia Port, 211 Chojnice Kościerzynie, 215 Laskowice Pomorskie - Bąk oraz rozebrane 233 Pszczółki - Kościerzyna oraz linia Kościerzyna - Gołubie, którą rozebrano w latach 30.