mały|lewo|220px|Patrick Marleau w koszuli kapitana zespołu. W sezonie 2003/2004 został kapitanem zespołu Sharks. Stało się to po tym jak Owen Nolan zakończył grę w drużynie Rekinów. Od tego momentu trzech kolejnych zawodników Mike Ricci, Vincent Damphousse i Alyn McCauley wybierano za kapitana zespołu. Ten ostatni zasugerował ówczesnemu trenerowi rekinów Wilsonowi, aby powierzył tę funkcję Patrickowi. Od tej pory Marleau jest kapitanem zespołu.
Z powodu lokautu w NHL nie zagrał w żadnym meczu tej ligi, jednak już w następnym sezonie powrócił do klubu z San Jose zatwierdzając trzyletni kontrakt z tym klubem opiewającą na kwotę 12,5 miliona dolarów. Sezon 2005/2006 jest jak dotychczas najlepszym sezonem tego zawodnika w NHL. łącznie w całym sezonie zdobył 100 punktów w klasyfikacji kanadyjskiej, strzelając przy tym 43 bramki i 57-krotnie asystując przy bramkach kolegów z drużyny. Sam 19 marca 2006 roku w meczu przeciwko Colorado Avalanche zdobył czterechsetny punkt w karierzeSenators Shut Out Devils and Regain First Place Wiadomość z New York Times z dnia 20.03.2006., zbliżając się tym samym do najlepszego wyniku w historii klubu, czyli zdobytych 451 punktów przez Owena Nolana.