Pod koniec sezonu Marleau został zgłoszony jak jeden z trzech kandydatów do Lady Byng Memorial Trophy, nagrody przyznawanej w każdym sezonie najuczciwszemu zawodnikowi ligi. Ostatecznie Patrick nie dostał tego trofeum, które powędrowało do Rosjanina Daciuka.
W sezonie 2006/2007 Marleau poprawił rekordy Nolana. 4 stycznia 2007 roku przeciwko Detroit Red Wings zdobył bramkę oraz trzykrotnie asystował przy strzałach kolegów z zespołu, stając się najlepszym zawodnikiem klubu podwzględem zdobytych punktówSharks rebound to the nines Wiadomość z San Francisco Chronicle z dnia 5.01.2007.. Tydzień później został również najlepszym strzelcem w historii klubu strzelając 207. gola w meczu przeciwko Los Angeles KingsRecord-setter boosts Sharks Wiadomość z San Francisco Chronicle z dnia 12.01.2007.. Marleau w sezonie zasadniczym zdobył 78 punktów w 77 rozegranych meczach, co było drugim osiągnięciem w zespole (lepszy był tylko Joe Thornton, który zdobył 114 punktów). Dobra gra w lidze zaowocowała grą po raz drugi w karierze w meczu gwiazd NHL, gdzie zdobył bramkę. W sierpniu 2007 roku podpisał dwuletni kontrakt z San Jose Sharks. W tym czasie zawodnik ma zarobić 12,6 miliona dolarów, zatrzymując zawodnika do końca sezonu 2009/2010. Po tym sezonie Patrick doszedł do liczby 500 zdobytych punktów w NHL.