Wyczyn ten ustanowił 14 listopada 2007 w meczu przeciwko Phoenix Coyotes, jednak jego zdobyć punktowa tego sezonu była najniższa od 2002 roku, zdobywając jedynie 48 punktów w 78 meczach. W 2009 roku jak dotychczas po raz ostatni uczestniczył w meczu gwiazd NHL.
Latem 2009 roku Marleau został pozbawiony miana kapitana zespołu. Trener Todd McLellan w miejsce Kanadyjczyka mianował Roba Blake’a. W czasie sezonu Patrick został wybrany jako asystent kapitana.
Efektem straty miana kapitana był najlepszy sezon w historii startów lidze NHL pod względem strzelonych bramek, których zdobył w 82 spotkaniach sezonu zasadniczego 44. W tym sezonie został pierwszym zawodnikiem „Rekinów”, który zdobył 300 bramek. Barierę tę pokonał w Boxing Day w 2009 w zwycięskim meczu przeciwko Anaheim Ducks. Szesnaście dni później – 12 stycznia zdobył trzydziestą bramkę w sezonie zasadniczym ustanawiając rekord najszybszej zdobyczy tej ilości bramek w organizacji. Na osiągnięcie tego sukcesu wystarczyło mu rozegranie 47 spotkań. W fazie playoff zagrał w czternastu spotkaniach. Zdobył zwycięskie bramki w trzecim i piątym spotkaniu drugiej rundy przeciwko Detroit Red Wings, zaś w trzeciej rundzie w przegranej serii z późniejszym mistrzem Chicago Blackhawks zdobył dla drużyny pięć z siedmiu bramek.