Do pracy powrócił w 1993 po objęciu funkcji ministra sprawiedliwości przez Zbigniewa Dykę, który w latach 80. również uczestniczył w duszpasterstwie prawników. Otrzymał stanowisko prokuratora Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie i jej rzecznika prasowego. Od 1992 był członkiem krakowskich władz Stowarzyszenia Polskich Prawników Katolickich, w latach 1995–2000 wchodził w skład rady naczelnej tej organizacji.
W 2000 otrzymał od nowego ministra sprawiedliwości Lecha Kaczyńskiego propozycję objęcia stanowiska prokuratora krajowego. Jego nominacji miało sprzeciwiać się kierownictwo Urzędu Ochrony Państwa. Zbigniew Wassermann zaprzeczał jednak, jakoby nie uzyskał od UOP certyfikatu dostępu do informacji niejawnych, co miało być przeszkodzą w nominacji. Mimo to premier Jerzy Buzek nie mianował go na to stanowisko, w związku z czym pozostał pełniącym obowiązki prokuratora krajowego.
Działalność od 2001 Po dymisji Lecha Kaczyńskiego ze stanowiska ministra sprawiedliwości zaangażował się w działalność Prawa i Sprawiedliwości. W wyborach w 2001 został wybrany na Sejm IV kadencji z listy PiS w okręgu krakowskim. Zasiadał w Komisji Sprawiedliwości i Praw Człowieka (jako zastępca przewodniczącego) oraz Komisji do Spraw Służb Specjalnych (był jej przewodniczącym).