Od 2004 był wiceprzewodniczącym komisji śledczej w sprawie PKN Orlen.
W 2003 złożył zawiadomienie o przestępstwie narażenia na niebezpieczeństwo utraty życia członków swojej rodziny poprzez nieprawidłowe zainstalowanie wanny z hydromasażem przez wykonawcę z firmy budującej jego willę. Śledztwo w tej sprawie zostało umorzone w 2007 wobec braku znamion przestępstwa. Powództwo wykonawcy o zapłatę wynagrodzenia zostało natomiast prawomocnie oddalone w 2009. Zbigniew Wassermann wniósł prywatny akt oskarżenia przeciwko teściowej wykonawcy, zarzucając jej zniesławienie go w listach do mediów. W wyniku postępowania sąd warunkowo umorzył postępowanie w tej sprawie, nakazując oskarżonej przeproszenie polityka.
W wyborach parlamentarnych w 2005 został ponownie wybrany na posła w okręgu krakowskim. 31 października tego roku powołano go na ministra-członka Rady Ministrów i koordynatora służb specjalnych w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza. 14 lipca 2006 został ponownie powołany na to stanowisko w rządzie Jarosława Kaczyńskiego. Został odwołany 7 września 2007 z jednoczesnym powołaniem na sekretarza stanu do spraw służb specjalnych w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, a 11 września powrócił na uprzednio sprawowany urząd ministra.