Ostatecznie spór zakończył się kompromisem – w 1528 w mieście pojawił się ostatecznie Bugenhagen i został kaznodzieją w kościele św. Mikołaja. Reformacja zwyciężyła pokojowo. Główną zasługą Bugenhagena było to, iż dał miastu ustrój kościelny, który regulował sprawy organizacyjne i finansowe kościoła, a także inne dziedziny życia społecznego (np. obowiązek szkolny). Ten porządek kościelny przetrwał 200 lat.
Kres dawnego kościoła św. Mikołaja nastąpił w maju 1842, kiedy to cały Hamburg ogarnął wielki pożar. Wybuchł on w nocy z 4 na 5 maja i szalał przez 3 następne dni. Spłonęły trzy kościoły, hamburski ratusz i wiele innych budynków; nie obyło się też bez ofiar ludzkich – życie straciło 51 osób, a ok. 20000 straciło dach nad głową. Zniszczenie kościoła św. Mikołaja opisane zostało przez ówczesnych kronikarzy jako szczególnie poruszające wydarzenie, które mocno wstrząsnęło mieszkańcami Hamburga, jako że takiej katastrofy i tak ogromnych zniszczeń nie widzieli jeszcze w życiu. W samym kościele św. Mikołaja akurat rano odbywało się nabożeństwo, po którym miano wybrać nowego proboszcza. Nabożeństwo zostało pospiesznie przerwane, zdążono tylko pomodlić się w intencji zachowania kościoła, a następnie uratować co się da, z jego wyposażenia. Pomimo rozpaczliwych wysiłków nie udało się powstrzymać szybko rozprzestrzeniającego się ognia.