Ówczesne techniki gaśnicze nie dawały jednak żadnych szans w walce z tego typu żywiołem, zwłaszcza jeśli chodzi o gaszenie obiektów wysokich. O godz. 4 po południu w wyniku szalejącego pożaru zawaliła się wieża kościoła, niszcząc doszczętnie jego nawę.
Odbudowa w stylu neogotyckim (po 1842) thumb|Neogotycki projekt kościoła G. Scotta Wkrótce po ugaszeniu pożaru podjęto decyzje o odbudowie kościoła. W 1843 rozpoczęto zbiórkę datków na ten cel (w ramach akcji „Schilling-Sammlung”) a już w 1844 Komisja Odbudowy Kościoła rozpisała konkurs na projekt architektoniczny nowej świątyni. Konkurs wygrał, urodzony w pobliskiej Altonie architekt Gottfried Semper, który przedstawił projekt budowli w stylu neoromańskim, pokrytej kopułą. Projekt nie doczekał się jednak realizacji, ponieważ z jednej strony nie bardzo pasował do sylwetki miasta z dominującymi, wysokimi wieżami, a z drugiej strony wznowiona właśnie (od 1842) budowa średniowiecznej, gotyckiej katedry w Kolonii ożywiła dyskusje na temat gotyku jako niemieckiego stylu narodowego. Dyskusja nie ominęła także Hamburga, w którym średniowieczną katedrę wyburzono w 1805 r.