W 2003 powstało arcybiskupstwo ochrydzkie i jego najwyższy organ – Święty Synod, któremu przewodniczył metropolita Jan z tytułem egzarchy ochrydzkiegoDokument konstytuujący Synod arcybiskupstwa ochrydzkiego. W momencie podpisania aktu jedności kanonicznej metropolita Jan został zatrzymany przez policję i zmuszony do opuszczenia rezydencji metropolity Wełesie. W podobny sposób władze Macedonii potraktowały cztery męskie wspólnoty monastyczne w 2004. Władze Macedonii formalnie poparły wówczas Macedoński Kościół Prawosławny jako jedyną legalną instytucję kościelną związaną z prawosławiem na terytorium Macedonii Sytuacją arcybiskupstwa ochrydzkiego zainteresowały się wówczas organizacje broniące praw człowieka.
W październiku 2004 policja macedońska zniszczyła monaster w Nižepolu uznający jurysdykcję arcybiskupstwa. Oficjalną przyczyną tej decyzji był fakt, że budynek zbudowano bez potrzebnych zezwoleń. Przedstawiciele arcybiskupstwa twierdzą ponadto, że z szykanami spotykali się również wierni, którzy zadeklarowali poparcie dla zjednoczenia z patriarchatem SerbiiUS State Dept.