Religious Freedom Report on Macedonia, 2006.
24 maja 2005, decyzją patriarchy Serbii zwierzchnik arcybiskupstwa ochrydzkiego nosi tytuł arcybiskupa ochrydzkiego i metropolity Skopje, zaś arcybiskupstwo otrzymało autonomię kościelnąTomos ogłaszający autonomię arcybiskupstwa ochrydzkiego.
W czerwcu 2005 metropolita Jan został aresztowany w czasie przekraczania granicy grecko-macedońskiej, a następnie skazany na 18 miesięcy więzienia za podżeganie do nienawiści i nietoleracji na tle rasowym, etnicznym i religijnym. Za dowody w sprawie uznano fakt objęcia przez niego stanowiska egzarchy ochrydzkiego, odprawiania nabożeństwa i konsekracji biskupów oraz opublikowania w kalendarzu cerkiewnym tekstu krytycznego wobec Macedońskiego Kościoła Prawosławnego. Po 220 dniach Sąd Najwyższy uznał część zarzutów za niekonstytucyjne i skrócił wyrok do ośmiu miesięcyWyrok Sądu Najwyższego. W drugim procesie metropolita został skazany na dwa lata więzienia, w którym ostatecznie spędził 256 dni. Powtarzały się przypadki aktów wandalizmu w cerkwiach, pobicia i próby zastraszenia duchownych Arcybiskupstwa Ochrydzkiego.