współpracował również z Układem Warszawskim, przekazując zachodnie technologie wojskowe. Na tym procederze zarobił blisko 3 mln USD.
W 1981 roku, po śmierci Omara Torrijosa w wypadku lotniczym, Noriega wszedł w skład junty. W krótkim czasie, bo już w 1983 roku stał się formalnym przywódcą armii, co czyniło go faktycznym władcą kraju. Po dojściu do władzy, współpraca z Amerykanami zacieśniła się. Noriega zezwolił na obecność na terytorium Panamy amerykańskich stacji nasłuchowych oraz stworzył obozy szkoleniowe dla Contras. Nadużycia, fałszerstwa wyborcze, oskarżenia o zaaranżowanie śmierci poprzedniego prezydenta, a także o zabójstwo człowieka, który ujawnił jego narkotykowe interesy, spowodowały masowy sprzeciw wobec rządów Noriegi w samej Panamie. W 1986 roku powstała opozycyjna Narodowa Krucjata Obywatelska.