W późnych latach 80. zaczął przeciwstawiać się polityce realizowanej przez amerykańskie agencje, które wyniosły go do władzy. Prezydent rozpoczął współpracę z kubańskim rządem Fidela Castro, z którym wcześniej prowadził już interesy gospodarcze, będąc nieoficjalnym pośrednikiem Stanów Zjednoczonych w handlu z wyspą. Zbliżenie się do Kuby ze strony prawicowego rządu spowodowało niechęć ze strony Stanów Zjednoczonych. W 1988 roku Departament Sprawiedliwości oficjalnie oskarżył gen. Noriegę o handel narkotykami. Tego samego roku CIA zawiesiła współpracę z generałem. Administracja Reagana nałożyła sankcje ekonomiczne na Panamę, dodatkowo zamrażając 56 milionów dolarów depozytów w amerykańskich bankach. W marcu 1989 roku miał miejsce pierwszy, nieudany zamach stanu (zaplanowany przez CIA), zdławiony przez siły zbrojne. W maju tego samego roku, doszło do fałszerstw w wyborach krajowych, w których dzięki oszustwu przegrał kandydat sojuszu partii opozycyjnych (pieniądze na kampanię Guillermo Endary, 10 milionów dolarów, przekazały USA). Noriega zadeklarował utrzymywanie władzy do końca życia. thumb|upright=1.2|LAV-25 Korpusu Piechoty Morskiej w Panamie W październiku 1989 roku, doszło do drugiej nieudanej próby zamachu stanu. Również i ten zamach został przygotowany przez rząd USA.