W 1877 budynek został obrabowany przez nieznanych sprawców, co sprawiło, że większość jego wyposażenia trafiła ponownie do kaplicy domowej przy ulicy Ackerwand. W cerkwi odbywały się jedynie nabożeństwa w dni imienin zmarłej wielkiej księżnej oraz w dzień poświęcony patronce budynku. Ten stan rzeczy trwał do 1880, kiedy to ponownie w cerkwi św. Marii Magdalen zaczęto regularnie (poza miesiącami letnimi) sprawować Świętą Liturgię; przypisano wtedy też do niej (do 1907) jako pomocniczą cerkiew św. Olgi we Franciszkowych Łaźniach. Z kolei w latach 1906–1910 na podobnych zasadach ze świątynią w Weimarze związana była cerkiew św. Włodzimierza w Mariańskich Łaźniach.
W 1910 cerkiew w Weimarze została zamknięta ze względu na opuszczenie miasta przez rosyjskich dyplomatów. Odtąd nabożeństwa prawosławne odbywały się jedynie nieregularnie w prywatnych domach, zaś w czasie I wojny światowej zostały całkowicie zabronione. Ponowne otwarcie budynku miało miejsce dopiero 2 września 1950, natomiast w 1982 została na nowo ustanowiona parafia. Do tej pory cerkiew była obiektem pomocniczym parafii św. Symeona w Dreźnie i tamtejszej świątyni prawosławnej.