Kościół w Prejmer już od XIII w. miał charakter obronny, stopniowo umacniany. Z tego względu stanowi on jeden z typowych kościelnych zespołów warownych charakterystycznych dla regionu. Wokół kościoła wzniesiono potężne mury obronne, po kolejnych rozbudowach sięgające nawet 14 m wysokości, jednocześnie bardzo grube. Mieszczą w sobie od strony wewnętrznej 270 pomieszczeń rozmieszczonych na kilku kondygnacjach (od 2 do 4). Służyły one jako schronienie dla mieszkańców wsi i ich dobytku na wypadek zagrożenia. Efektowne jest rozwiązanie dostępności tych pomieszczeń, na które składają się liczne drewniane schodki i galeryjki biegnące po licu murów. Po szczycie murów, pod dachem, biegnie przez cały ich obwód korytarz obronny z otworami strzelniczymi. W XVI w. kompleks rozbudowano, dobudowując od południowego wschodu otoczony niższymi już murami dodatkowy dziedziniec z budynkiem szkoły gminnej (wybudowane wówczas mury obronne zyskały renesansową attykę).