W wyborach w 2009 ponownie uzyskał z listy LN mandat deputowanego do Parlamentu Europejskiego VII kadencji. Został członkiem grupy Europa Wolności i Demokracji oraz Komisji Rynku Wewnętrznego i Ochrony Konsumentów. W 2013 został sekretarzem federalnym Ligi Północnej, przejmując tym samym kierownictwo w tej partii. Prezentował publicznie poglądy eurosceptyczne, krytykując m.in. funkcjonowanie waluty euro.
W 2014 z powodzeniem ubiegał się o europarlamentarną reelekcję. W tym samym roku stanął również na czele ugrupowania Noi con Salvini, mającego w założeniu być platformą wyborczą LN we włoskich regionach południowych. W trakcie przewodzenia swojemu ugrupowaniu dorobił się wśród zwolenników przydomka „il Capitano”.
W 2017 utrzymał przywództwo w Lidze Północnej, otrzymując w partyjnych wyborach blisko 83% poparcie. W wyborach krajowych w 2018 kontynuował współpracę z blokiem centroprawicy (obejmującym m.in. Forza Italia). Sojusz ten zwyciężył w wyborach, a w jego ramach lista wyborcza LN otrzymała najwięcej głosów. Matteo Salvini został wybrany do Senatu XVIII kadencji.