W Komisariacie istniały cztery departamenty: Departament Polityczno-Administracyjny Departament Wojskowy Departament Techniczno-Handlowy Departament Skarbowy. W skład Komisariatu wchodził także Urząd Handlu Zagranicznego, Ekspozytura Państwowego Urzędu Eksportu Drzewa i Ekspozytura Państwowego Urzędu Naftowego. Takie zorganizowanie Komisariatu wzbudziło protesty Ministerstwa Spraw Wojskowych i jego gdańskiego przedstawiciela – kontradmirała Michała Borowskiego, który nie godził się na podległość służbową urzędnikowi cywilnemu, jakim był Komisarz Generalny, protesty jednak nie przyniosły skutku. W celu właściwej koordynacji problematyki gdańskiej utworzono w strukturze Prezydium rządu odpowiedni referat.
Komisarz i niektórzy urzędnicy Komisariatu korzystali z prawa eksterytorialności (począwszy od 6 grudnia 1923 personel Komisariatu składał się 60 osób), urzędnicy Komisariatu mieli być traktowani na równi z urzędnikami Wolnego Miasta pełniącymi analogiczne funkcje. Innymi uprawnieniami urzędników Komisariatu było zwolnienie od podatku dochodowego na terenie Wolnego Miasta przysługujące tym z nich, którzy mieli rodziny w Polsce. Okres kształtowania się KGRP zamyka wydanie przez Radę Ministrów nowej instrukcji w sprawie kompetencji Komisarza Generalnego i jego stosunku do innych urzędów polskich w Gdańsku.