Najistotniejszą zmianą była zmiana podległości służbowej Komisarza. Od tej pory podlegał on Ministrowi Spraw Zagranicznych. Na nowo została także ustalona struktura organizacyjna Komisariatu. Od 1923 składał się z 10 oddziałów: I Oddział – Ogólny II Oddział – Kulturalno-Oświatowy III Oddział – Konsularno-Paszportowy IV Oddział – delegat Ministerstwa Spraw Wewnętrznych V Oddział – Wydział Wojskowy VI Oddział – Przedstawiciel Polskiej Agencji Telegraficznej VII Oddział – Delegat Ministerstwa Przemysłu i Handlu VIII Oddział – Urząd Marynarki Handlowej IX Oddział – Polska Kasa Rządowa, Reitbahn 4 X Oddział – Delegatura Prokuratorii Generalnej RP.

Oddziały I – III stanowiły tzw. Ścisły Komisariat. Ponadto działalność wywiadowczą na obszarze Wolnego Miasta prowadziła Sekcja II Polityczna przy Komisarzu.

Zadania thumb|240px|Tablica pamiątkowa na ścianie frontowej dawnego gmachu Komisariatu przy ulicy Nowe Ogrody 27, odsłonięta 1 czerwca 2010Komenda Wojewódzka Policji w Gdańsku © 2002-2010. Komisariat był urzędem służącym do wykonywania przez Komisarza Generalnego RP w Gdańsku jego zadań toteż zadania Komisariatu były w istocie zadaniami Komisarza.