W latach 1655–1660 kościół poniósł dotkliwe straty podczas okupacji moskiewskiej Wilna, kiedy to został zdewastowany przez kozaków, a w jego wnętrzu dokonano mordu zakonników i mieszczan szukających schronienia. Odbudowę wsparł hojnie ówczesny wojewoda wileński i hetman wielki litewski Michał Kazimierz Pac. Przesklepiono wtedy kolebką prezbiterium. W 1690 zbudowano w kościele ambonę, a w XVIII w. 14 rokokowych ołtarzy z drewna klonowego, bogato ozdobionych rzeźbami. Efektownie prezentował się zwłaszcza ołtarz wielki z 1710, za którym mieścił się chór zakonny z bogato rzeźbionymi stallami. W podobnym stylu zbudowano konfesjonały, balustrady i obramowania portali.
W czasach I rozbioru Polski (1772) w klasztorze żyło 51 zakonników.
W 1794 kościół i klasztor ucierpiały podczas oblężenia i ostrzału Wilna przez Rosjan. Odbudowa świątyni doprowadziła do zmian w wyglądzie jej fasady. Otynkowano ją (wraz z całym kościołem) na czerwono.
W XIX wieku rosyjski architekt N. Czagin dobudował neogotycką dzwonnicę, nawiązującą do dekoracji pobliskiego kościoła św. Anny.