W 1864 w ramach polityki niszczenia struktur Kościoła katolickiego po stłumionym powstaniu styczniowym władze rosyjskie za rządów Murawiewa skasowały zakon bernardynów. Zakonnicy zostali przeniesieni do Mohylewa i Kretyngi. Sama świątynia natomiast stała się kościołem parafialnym dla nowo utworzonej parafii, a budynki klasztorne zamieniono na koszary dla armii rosyjskiej. W okresie późniejszym znalazł w nich siedzibę Wydział Sztuk Pięknych Uniwersytetu Wileńskiego.
Taki stan rzeczy miał zasadniczo miejsce także w okresie II Rzeczypospolitej – część klasztoru zajmowało Wojsko Polskie, część – wspomniany wydział a część – kilku zakonników, którzy powrócili do Wilna po odzyskaniu przez Polskę niepodległości.
W październiku 1939, gdy Rosjanie przekazali Wilno Litwie, w kościele bernardyńskim powstał ruch oporu przeciwko nowej władzy; kierował nim miejscowy wikariusz, ksiądz Hlebowicz. Stworzona przez niego grupa działała i wówczas, gdy Wilno zdobyli Niemcy, a on sam został przeniesiony w głąb Litwy.
Pod koniec lat 40. władze sowieckie zamknęły kościół.