Architektura Bryła kościoła, jednego z największych gotyckich kościołów w dawnej Rzeczypospolitej, ma 42,2 m długości i 24 m szerokości i jest ta sama co przed wiekami – parter z ostrołukowymi, gotyckimi oknami wspierają przypory. Misterne, rozczłonkowane na fasadach (zbudowane w drugiej połowie XVI wieku), masywne i proste przy apsydzie (początek XVI wieku). Szczyt wieńczący fasadę zachodnią wzniesiono po zniszczeniach 1794; ozdobiony wnękami „ślepych” okien i niszą z freskiem Chrystusa Ukrzyżowanego, autorstwa Kanuta Rusieckiego z połowy XIX wieku. Szczyt flankują dwie ośmioboczne wieżyczki, niejako miniatury gotyckiej dzwonnicy kościoła.
Wnętrze kościoła jest halowe, podzielone ośmioma kolumnami na trzy nawy. Zachowało się beczkowe sklepienie prezbiterium z lunetami; w nawach i w kruchcie zachowały się też oryginalne (choć zniszczone) XVI-wieczne sklepienia krzyżowe, gwiaździste i kryształowe; ten ostatni typ sklepienia zachował się też w zakrystii – najstarszym budynku kompleksu, znajdującym się na południowym dziedzińcu kościoła. Średniowieczne sklepienia zachowały się także w dawnym wirydarzu klasztornym, w którym mieści się obecnie Akademia Sztuk Pięknych.