Jego cenne wyposażenie zostało zrabowane, a sam kościół ulegał postępującej dewastacji pełniąc rolę magazynu Instytutu Sztuki.
Po upadku komunizmu i odzyskaniu w 1990 przez Litwę niepodległości podjęto decyzję o przekazaniu kościoła wiernym w 1994, a następnie rozpoczęciu remontu kościoła i klasztoru, co jednak okazało się zadaniem niełatwym z uwagi na ogromny zakres zniszczeń samego budynku (mury i posadzki) i straty w wyposażeniu; w kościele stał tylko szkielet ołtarza głównego i organów, ambona oraz zdewastowane stalle zakonne.
Znajdują się tu również nagrobki Piotra Wiesiołowskiego i Stanisława Radziwiłła, który zmarł w 1599.
Wewnątrz kościoła w 1981 odkryto gotyckie malowidła ścienne z początku XVI wieku, które stanowią unikat na skalę światową. Ich stylistyka jest gotycka, ale kompozycja i przedstawienie noszą cechy renesansu. Przedstawiają barwne kompozycje figuralne o tematyce biblijnej i hagiograficznej oraz napisy czcionką gotycką, ornamentykę roślinną i znaki heraldyczne.