Kolej kursuje na trasie długości 11 km z Hajnówki na południe do Topiła. W roku 2001 uruchomiono też pociągi na krótszej trasie w tym samym kierunku: Hajnówka – Dolina Rzeki Leśnej (6 km). Uprzednio prowadzono także pociągi na trasie w kierunku północnym, do Lipin (4 km) i Postołowa (6 km), nie kursujące obecnie (stan na 2023). Leśna kolej wąskotorowa może kursować przez cały rok, jednak planowane przejazdy odbywają się w ciągu lata: W okresie od 27 lipca do 30 sierpnia 2020 w każdy wtorek, czwartek, piątek, sobotę i niedzielę o godz.10:00 i 14:00 – i w okresie od 3 września do 29 września 2020 w każdy czwartek i sobotę o godz. 10:00 i 14:00.Cennik i zasady funkcjonowania kolejki w roku 2020. (*.doc, 46k) Kolej może kursować na 2 trasach w zależności od liczby chętnych. Koleje leśne oferują również prywatne, komercyjne przejazdy dla zorganizowanych grup. Możliwe jest wówczas podłączenie do pociągu parowozu zamiast lokomotywy spalinowej oraz zainscenizowanie napadu – kontrola dokumentów przez białoruskich pograniczników.