Ogólne proporcje Erpetosuchus są jednak podobne, jak u dwunożnych archozaurów, takich jak krokodylomorf Terrestrisuchus, przedstawiciel grupy Avemetatarsalia Scleromochlus, dinozauromorfy Lagerpeton i Marasuchus oraz bazalne dinozaury.
Erpetosuchus został przez E. T. Newtona zaklasyfikowany do grupy tekodontów. Po upowszechnieniu się metod kladystycznych w badaniu filogenezy tekodonty zostały uznane za takson parafiletyczny, obejmujący różne grupy bazalnych archozaurów i jako taki nie był wyróżniany przez większość autorów. Erpetosuchus był umieszczany na drzewie filogenetycznym w różnych miejscach, jednak przeważnie z analiz wynikało, że był on przedstawicielem kladu Pseudosuchia (obejmującego krokodyle i archozaury bliżej spokrewnione z nimi niż z ptakami), a w obrębie tego kladu należał do najbliższych krewnych krokodylomorfów. Według analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Olsena i współpracowników Erpetosuchus stanowi takson siostrzany krokodylomorfów. Podobny wynik przyniosła analiza Bentona i Walkera oraz Brusattego i współpracowników (2010). Bliskiego pokrewieństwa Erpetosuchus i krokodylomorfów nie potwierdziła natomiast analiza przeprowadzona przez Nesbitta i Butlera (2012). Według tej analizy Erpetosuchus był taksonem siostrzanym do środkowotriasowego afrykańskiego gatunku Parringtonia gracilis.