Na początku czerwca 1941 w więzieniach ZSRR przebywało blisko 500 tysięcy osób. Dziesiątki tysięcy przetrzymywano na obszarach, które w latach 1939–1941 zostały zaanektowane na mocy paktu Ribbentrop-Mołotow. Początkowo w myśl opracowanych jeszcze przed wojną planów, NKWD zamierzało wywieźć w głąb kraju wszystkich więźniów przetrzymywanych w strefie działań wojennych. Już 23 czerwca 1941 zastępca ludowego komisarza spraw wewnętrznych ZSRR Wasilij Czernyszow zatwierdził plan ewakuacji więźniów przetrzymywanych w więzieniach na tzw. zachodniej Ukrainie i zachodniej Białorusi oraz w Litewskiej SRR. Ewakuacją miało zostać objętych: 16 357 więźniów przetrzymywanych w zachodnich obwodach Białoruskiej SRR; 23 236 więźniów przetrzymywanych w zachodnich obwodach Ukraińskiej SRR; 4000 więźniów przetrzymywanych w Litewskiej SRR (początkowo planowano ewakuację 5900 więźniów).
Brak odpowiedniej liczby wagonów kolejowych, chaos pierwszych dni wojny i szybkie postępy wojsk niemieckich uczyniły ewakuację więźniów niewykonalną. Władze sowieckie były jednak zdecydowane nie dopuścić, aby „wrogowie ludu” zostali uwolnieni przez Niemców.